Anastasia Dwi Astuti, 50405068

Kata Kunci : dinamika molekuler, Gromacs, Linux, pymol, grace, kimia

(xiv + 81 + Lampiran)

Perkembangan teknologi komputer dalam bidang kimia memunculkan banyak aplikasi kimia. Tidak hanya aplikasi untuk memvisualisasikan struktur molekul tapi juga untuk simulasi dinamika molekuler. Salah satunya adalah Gromacs. Gromacs merupakan contoh aplikasi dinamika molekuler yang dikembangkan oleh universitas Groningen. Aplikasi ini bersifat non-komersial dan mampu bekerja dalam sistem operasi Linux. Kemampuan utama Gromacs adalah melakukan simulasi dinamika molekuler serta penyusutan energi.

Dalam penulisan ini, penulis membahas mengenai bagaimana cara kerja Gromacs dalam simulasi dinamika molekuler beberapa protein. Dalam melakukan simulasi dinamika molekuler, Gromacs tidak bekerja sendiri. Gromacs berinteraksi dengan aplikasi Pymol serta aplikasi Grace. Pymol merupakan aplikasi untuk menvisualisasikan hasil simulasi sedangkan Grace merupakan aplikasi dalam linux untuk menampilkan grafik. Kedua aplikasi ini mendukung dalam hal analisis hasil simulasi dinamika molekuler dengan Gromacs.

download file pdf